OligoQuest™
介绍
质谱法用于寡核苷酸分析
寡核苷酸在研究、诊断和基因治疗中的重要性日益增加，包括tRNA、siRNA和其他多达120个碱基的修饰寡核苷酸，增加了对工具的监管兴趣，以验证其序列以及识别和量化相关杂质。RNA和寡核苷酸序列的准确性对于确保正确的活性和表达以及避免脱靶效应或对患者的毒性至关重要。然而，目前的下一代测序方法并不能全面表征高度修饰的rna治疗方法。
四极杆飞行时间质谱(QTOF-MS)仪器被用于表征高度修饰的寡核苷酸序列，因为它们可以以高质量精度确定完整寡核苷酸及其片段离子的单同位素质量。
杂质和寡核苷酸副产物的完整质量确认并不总是足够的，因此需要核苷酸序列水平的信息。为了充分确定LC-MS峰的分子身份，需要MS/MS实验与较长RNA分子的酶切相结合。雷竞技怎么下载由于寡核苷酸MS/MS谱是复杂的，它们的人工解释是耗时的，需要深入的分析技能，使得每天分析多个样品变得困难，昂贵并且经常导致瓶颈。
OligoQuest
OligoQuest™- BioPharma Compass的一部分®
Bruker的OligoQuest™软件为反义研究、RNA治疗、CRISPR引导RNA序列的确认和其他基因编辑技术提供增强的RNA和寡核苷酸表征。通过利用Bruker的maXis II和timsTOF平台的高同位素保真度和质量精度，OligoQuest™可以通过完整的质量和MS2分析来确认身份。客户正在使用OligoQuest™来确认修饰的RNA序列和异构体寡核苷酸的碱基交换。
OligoQuest™提供算法和工作流程来注释来自寡核苷酸序列bbb100核苷酸的串联质谱数据。RiboDynamics首席执行官、康涅狄格大学Harold S. Schwenk教授Dan Fabris解释说:“同位素保真度与超高分辨率质谱相结合，在分析高度修饰的RNA方面显示出巨大的前景，但商业软件工具一直不可用。使用OligoQuest™简化这一分析将极大地加速RNA领域的研究和开发。”
BioPharma Compass中的OligoQuest™工作流程®是向导驱动的，以简化方法设置，并适应客户定义的序列定义，以轻松地包括制药行业使用的广泛的修饰核苷酸。
灵活的序列编辑器支持天然核酸构建块以及自定义主干，碱基和糖修饰。经过验证的高同位素保真度和超高分辨率的MS和MS/MS数据的峰检测和反卷积算法，即使在高动态范围的样品中也能确保正确的质量分配。
寡核苷酸序列验证
寡核苷酸序列验证
timsTOF系列质谱仪或maXis II，与VIP-HESI源配对，在阴性模式下具有高灵敏度，是分析寡核苷酸(如siRNA)的异质性的理想选择，也适用于分析基于CRISPR的基因编辑中使用的单导RNA (sgRNA)等大分子。
使用True同位素模式和SNAP对复杂光谱进行可靠的质量赋值，即使碱基替换只导致1 Da的质量差异，也可以进行可靠的序列验证。
复杂重叠谱的可靠标注对于基于质谱/质谱的序列确认也是必不可少的。OligoQuest™结合了来自RiboDynamics的SNAP反卷积和先进的测序算法(嵌入BioPharma Compass中)®)，充分利用maXis II和timsTOF的数据质量，对终端和内部片段进行注释。
寡核苷酸的副产品
寡核苷酸的副产品
寡核苷酸副产物可能包括与目标产物序列分别具有+1 Da分子量差异的混乱变体和胞苷-尿苷转化。雷竞技怎么下载这些可能很难仅根据其完整的质量来表征。需要核苷酸水平的信息。
寡核苷酸MS/MS谱是复杂的，它们的人工解释是耗时的，需要深入的分析技能，这使得在常规实验室中每天对几个样品进行全面分析变得困难和昂贵。
BioPharma Compass中的OligoQuest™工作流程®提供了一个易于学习的工具来解释寡核苷酸质谱和质谱/质谱。布鲁克的高分辨率精确质量(HRAM) QTOF和timsTOF的高同位素保真度
仪器与已建立的单同位素选峰SNAP算法一起，提供了前体和碎片离子质量的可靠注释。因此，质谱和质谱/质谱可以高确定地匹配候选序列，如目标序列和预期副产物。OligoQuest™使用用户定义的序列命名法，从而避免了将实验室特定序列定义转换为专有软件格式。连同经过验证的工作流程向导和简单的报告结果在BioPharma指南针®， OligoQuest™将有助于加速DNA或RNA寡核苷酸的表征，以达到制药行业所需的吞吐量。
更多的信息
更多的信息
2022年4月5日的网络研讨会
OligoQuest™:采用LC-MS (/MS)的新型寡核苷酸鉴定工作流程
近年来，随着DNA和RNA作为研究试剂以及药物分子的使用越来越多，质谱法的寡核苷酸鉴定获得了极大的兴趣。在生物制药产品的审批过程中，与生产相关的杂质或降解产物的表征是至关重要的。这种表征过程的成熟工具是基于LC-MS的方法。在这个现场的实验室会议中，我们将展示布鲁克的高分辨率质谱仪是如何适合于分析寡核苷酸的目的。我们将展示新开发的软件OligoQuest™，它简化了寡核苷酸和寡核苷酸降解产物的表征。
关于OligoQuest的文献
仅供研究使用。不用于临床诊断程序。