Bruker在timsTOF fleX上介绍了突破性的MALDI-2源，并在timsTOF上进一步创新了ccs启用的4D蛋白质组学

马萨诸塞州比尔利卡市- 2020年6月1日:在虚拟ASMS 2020重启会议上，布鲁克公司(纳斯达克股票代号:BRKR)今天宣布了基质辅助激光解吸电离(MALDI)的重大进展，推出了世界上第一个商用MALDI-2后电离(PI)源，该光源现在可作为一种选择timsTOF fleX™ESI/MALDI质谱仪。新的MALDI-2技术可以为许多小分子和脂质提供一到两个数量级的灵敏度。MALDI-2进一步扩大了MALDI质谱和成像的应用范围。

此外，Bruker还推出了其他独特的TIMS/ pasf支持的4D蛋白质组学方法，利用大规模、实时的精确碰撞截面(CCS)，用于每4D nanoLC-CCS-MS/MS运行数万个测量肽。这些新方法和软件包括prm-PASEF、短梯度dia-PASEF、MOMA和使用新型基于gpu的实时搜索引擎的“Run and Done”蛋白质组学。除了进一步增强的肽、蛋白质和PTM识别外，这些ccs支持的创新还允许持续、超高灵敏度的LFQ性能，并在异常强大的timsTOF Pro平台上实现真正高通量的4D蛋白质组学、4D脂质组学和4D代谢组学方法。

创新的MALDI-2 PI源极大地提高了MALDI的灵敏度和应用范围。MALDI-2需要第二束激光(266 nm)正交射入由Bruker专有的主SmartBeam™3D (355 nm)激光产生的不断膨胀的MALDI羽流。MALDI-2推荐使用优化的flexMatrix™配方。新的MALDI-2源现在可作为timsTOF flex ESI/MALDI仪器的一个选项。

克劳斯·德莱塞沃德教授德国明斯特大学生物医学质谱学领头人，MALDI-2的先驱，他说:“在过去的35年里，MALDI已成为一种独特而快速的分析工具，适用于各种应用。我们开发了MALDI-2，通过对小分子提供更高的灵敏度，并包含不能有效地用MALDI电离的化学类，从而显著扩展了该技术。MALDI-2动力timsTOF fleX将把MALDI带到新的科学和分析前沿。”

Michael Easterling博士Bruker Daltonics的全球MS成像总监补充道:“MALDI Imaging和SpatialOMx在药物开发中对组织特异性模型的价值不断增长，推动了对更高灵敏度和多功能性的需求。随着其显著提高的灵敏度和化学类别的可访问范围，新的MALDI-2源选项现在可以进一步增强基于质谱的非靶向组织分析。”

Bruker现在还为其MetaboScape®代谢组学软件提供MALDI-2化合物参考库，该软件是在各种学术和制药合作期间创建的。MetaboScape在SCiLS™Lab MALDI成像软件中提供自动分析物注释，包括ccs算法，可提高组织图像中许多代谢物、聚糖和脂类的注释置信度。

力量的革命timsTOF™职业通过将PASEF®与并行反应监测(PRM)相结合，用于无标签定量蛋白质组学，进一步增强了for。这种独特的prm-PASEF模式利用TIMS分离的第4维来提高选择性和敏感性，结合PASEF的速度来增加前驱体目标的数量。与Skyline团队密切合作，启用prm-PASEF方法，Skyline软件现在可以分析prm-PASEF数据并生成定量报告。

群体Gunnar Dittmar教授卢森堡卫生研究所和Antoin Lesur教授都参与了prm-PASEF工作流程的开发，他们评论道:“prm-PASEF在我们实验室的timsTOF Pro上的早期结果给我们留下了非常深刻的印象。PRM - pasef的灵敏度和速度已经可以与其他平台上多年来开发的PRM方法相媲美。”

贾罗德·马托博士丹娜-法伯癌症研究所、哈佛医学院和布里格姆妇女医院的副教授补充道:“自与Bruker团队共同开发prm-PASEF以来，我们已经取得了巨大的进展。timsTOF Pro的获取速度和集成离子迁移率的独特组合使我们能够在临床队列中可靠地量化潜在的生物标志物候选物。此外，通过prm-PASEF LIVE实时调整采集参数将进一步提高可用性和吞吐量。”

Bruker革命性的timsTOF™Pro for通过将PASEF®与并行反应监测(PRM)相结合，进一步增强了无标签定量蛋白质组学。这种独特的prm-PASEF模式利用TIMS分离的第4维来提高选择性和敏感性，结合PASEF的速度来增加前驱体目标的数量。与Skyline团队密切合作，启用prm-PASEF方法，Skyline软件现在可以分析prm-PASEF数据并生成定量报告。

来自卢森堡卫生研究所的Gunnar Dittmar教授和Antoin Lesur教授都参与了prm-PASEF工作流的开发，他们评论道:“prm-PASEF在我们实验室的timsTOF Pro上的早期结果给我们留下了非常深刻的印象。PRM - pasef的灵敏度和速度已经可以与其他平台上多年来开发的PRM方法相媲美。”

Dana-Farber癌症研究所、哈佛医学院和Brigham妇女医院的副教授Jarrod Marto博士补充说:“自从与Bruker团队共同开发prm-PASEF以来，我们已经取得了巨大的进展。timsTOF Pro的获取速度和集成离子迁移率的独特组合使我们能够在临床队列中可靠地量化潜在的生物标志物候选物。此外，通过prm-PASEF LIVE实时调整采集参数将进一步提高可用性和吞吐量。”

通过独特的TIMS技术，大规模高精度测量肽碰撞截面(CCS)，增加了4D蛋白质组学鉴定的可信度。Florian Meier等人的一项新研究，题为“从100万个训练样本中深度学习肽宇宙的碰撞横截面”，并提交给bioRxiv， (2020.05.19.102285;doi:https://doi.org/10.1101/2020.05.19.102285)，使用深度学习训练集，在timsTOF Pro系统上运行的5种生物的360次LC/MS分割摘要中测量570,000个CCS值。

Matthias Mann教授德国马克斯·普朗克生物化学研究所的主任说:“气相中肽离子的大小和形状是基于质谱的蛋白质组学尚未探索的维度。现在可以预测任何肽和生物体的CCS值，为充分利用额外信息的高级蛋白质组学工作流程奠定了基础。”

使用dia-PASEF工作流开发了新的短梯度方法，该方法在许多timsTOF Pro实验室中得到了越来越多的应用。Dia-PASEF可以在数据完整性方面提供有意义的进步，并且Dia-PASEF工作流现在由Bioinformatics Solutions Inc.支持。PEAKS和Biognosys Spectronaut软件。

卢卡斯·瑞特博士Biognosys首席技术官评论道:“随着spectronau14的发射，我们完全支持timsTOF Pro:通过PASEF快速生成库和离子迁移率校准，在spectronau14中进行更具体的靶向提取。此外，我们还为timsTOF Pro增加了directDIA支持。我们也很高兴在我们的实验室拥有timsTOF Pro，以进一步加快我们为这个令人兴奋的新平台开发软件的速度。”

Gary Kruppa博士Bruker Daltonics的蛋白质组学副总裁补充道:“随着prm-PASEF的推出，dia-PASEF的日益成功，以及利用PASEF的鲁棒性、灵敏度和无与伦比的占比的更短梯度的趋势，timsTOF Pro提供了使4D蛋白质组学‘转化现实’的能力。此外，TIMS独特的MOMA特性允许以类似的保留时间针对等压前体进行MS/MS采集。拥有MOMA功能有助于使用短梯度提高覆盖深度，这对我们的翻译研究蛋白质组学用户非常重要，他们每天使用timsTOF Pro运行>50个样本。”

Bruker宣布了蛋白质组学管道(IP2)的可用性，其基于gpu的搜索引擎结合了John Yates教授在加利福尼亚州拉霍亚斯克里普斯研究所的实验室的ProLuCID数据库搜索工具。这一独特的基于gpu的IP2软件由Robin Park博士开发，允许timsTOF Pro 4D数据在采集过程中实时搜索，并在运行结束时提供搜索结果。

John Yates III教授和Robin Park博士他说:“计算进步与质谱灵敏度和扫描速度的共同进化，使更准确、更大规模的数据分析方法成为可能，有助于回答许多生物学问题。基于gpu的搜索引擎旨在同时执行多个并行指令线程，可以将搜索时间缩短到可以将搜索结果转换为实时输入以驱动串联MS采集的程度。这是我们与Bruker合作中令人兴奋的一部分，因为它将更加智能地利用timsTOF Pro。”

Rohan Thakur博士他补充道:“IP2/GPU解决方案提供了一个软件基础设施，可以支持来自我们第三方软件合作伙伴的‘插件应用程序’，这些应用程序可以利用高性能集群或云功能。我们致力于开放数据文件格式的战略，以促进社区驱动的软件开发，包括我们的第三方合作伙伴，通过API访问来造福timsTOF用户社区。”

在我们的eXceed专题讨论会和早餐活动的特色演讲者。雷竞技贴吧欲了解更多有关eXceed研讨会和早餐研讨会的详细信息，请访问我们的网站www.videcame.com/雷竞技贴吧events/2020/asms - 2020重启．

• 质谱和信息学的协同作用- John Yates教授，斯克里普斯研究所，拉霍亚，CA，美国
• 下一级成像质谱:用SpatialOMx聚焦单细胞- Ron Heeren教授，马斯特里赫特大学，荷兰
• 有趣时代的临床蛋白质组学- Roman Fischer，牛津大学，牛津，英国
• 基于timsTOF Pro开发PRM用于脑脊液中的生物标志物研究- Jarrod Marto，哈佛医学院Dana-Farber癌症研究所，波士顿，马萨诸塞州，美国
• 基于timsTOF fleX的高速MALDI-2:应用概述- Bram Heijs博士，莱顿大学医学中心，莱顿，荷兰
• 亲和珠辅助质谱(Affi-BAMS):靶向蛋白质组学的多路微阵列平台- Ghaith Hamza, Astra Zeneca, Discovery Science, MA，美国
• 通过diaPASEF磷酸化蛋白质组学分析激酶底物- Danielle Swaney，加州大学医学院，旧金山，CA，美国
• PASER:并行数据库搜索引擎在实时和超越- Robin Park，斯克里普斯研究所和首席执行官集成蛋白质组学应用，拉霍亚，加州，美国
• 介绍Novel timsTOF fleX MALDI-2是一种增强SpatialOMx灵敏度和维度的强大工具- Klaus Dreisewerd教授，德国Münster大学，Münster
• 捕获离子迁移率光谱法(TIMS)和平行积累序列碎片(PASEF)用于尿液代谢组学分析- Christina Di Poto，阿斯利康，盖瑟斯堡，MD，美国

Bruker将于2020年6月1日星期一上午8:00举行虚拟科学和贸易新闻发布会，包括Bruker管理层和客座发言人John Yates教授。欢迎客户前来参观Bruker的ASMS 2020 Reboot虚拟酒店套房整个会议。

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