乌得勒支大学和布鲁克宣布合作开发用质谱法研究蛋白质结构和相互作用的方法
马萨诸塞州BILLERICA - 2020年8月7日-布鲁克公司(纳斯达克股票代码:BRKR)今天宣布与乌得勒支大学合作，通过质谱法推进蛋白质的三维结构和相互作用的研究。乌得勒支大学阿尔伯特·赫克的实验室在蛋白质组学和蛋白质结构和质谱相互作用研究方面处于领先地位，已有20多年的历史。Richard Scheltema最近加入乌得勒支大学，担任小组负责人，专注于结构和相互作用蛋白质组学的交联质谱(XL-MS)。
合作工作将集中在TIMS (Trapped Ion Mobility Spectrometry)和PASEF (Parallel Accumulation Serial Fragmentation)方法的开发，以及timsTOF Pro 4d蛋白质组学质谱仪的交联剂和xml - ms软件的开发，以利用其独特的大规模、准确的CCS工作流程。这些已经在基础论文“碰撞横截面辅助前体选择(caps-PASEF)用于交联质谱的好处”中进行了描述，该论文刚刚发表在《分子和细胞蛋白质组学》的一篇突破性论文中。雷竞技怎么下载1
Bruker计划将合作成果商业化，作为使用xml - ms研究蛋白质结构和相互作用的综合解决方案。结合新颖、丰富的PhoX交联剂2，由Heck和Scheltema开发，在timsTOF Pro平台上具有PASEF方法的极端速度和灵敏度，可以发现更多的交联产物，从而产生更多关于蛋白质结构和相互作用的信息。先进的分析软件是关键，因为xml - ms数据比典型的散弹枪蛋白质组学实验更复杂，甚至信息更丰富。Scheltema正致力于使创新的XlinkX软件能够处理TIMS/PASEF数据，并将其提供给timsTOF proproers社区。
乌得勒支大学的Albert Heck评论道:“我们很高兴与Bruker合作，进一步开发xml - ms的工作流程，利用PASEF的速度和独特的大规模、准确的CCS数据来增强xml - ms中交联的检测。我们对发表在《分子与细胞蛋白质组学》上的初步结果感到兴奋，并期待着进一步推进xml - ms。雷竞技怎么下载我们也对离子迁移分离和CCS在timsTOF Pro上的其他应用感兴趣，以糖蛋白组学和自上而下的蛋白质组学。”
Bruker蛋白质组学副总裁Gary Kruppa博士说:“2001年在桑迪亚国家实验室亲自参与了xml - ms的一些概念工作，我相信Heck小组取得的进步将使这项技术在使用timsTOF Pro进行结构生物学研究时更加常规。我们与乌得勒支大学的合作将加速xml - ms在更广泛的结构和相互作用蛋白质组学领域的应用。”
乌得勒支大学的Richard Scheltema说:“我的团队打算突破PASEF的界限，通过使xml - ms工作流程具有ccs意识来增强它们。我们在使用XlinkX软件分析xml - ms数据的生物信息学方面进行了重大的持续努力。3.我们很高兴能与XlinkX中的timsTOF Pro的开放数据格式架构合作，开发可以使用大规模、准确的CCS值来识别交联的代码，并进一步提高错误发现率(FDR)的计算。”
1.碰撞截面辅助前体选择(caps-PASEF)用于交联质谱分析的好处。Steigenberger B, van den Toorn H, Bijl E, Greisch JF, Räther O, Lubeck M, Pieters RJ, Heck AJR, Scheltema RA。， Mol细胞蛋白质组学，2020年7月21日:mcp.RA120.002094。doi: 10.1074 / mcp.RA120.002094。先在线，后印刷。
2.PhoX:一种可富集imac的交联试剂。张建军，张建军，张建军，等。科学通报，2019(9):1514-1522。
3.通过交联质谱分析蛋白质组装的蛋白质组分析。刘峰，李志强，李志强，李志强。Nat Methods. 2015 Dec 12(12):1179-84。doi: 10.1038 / nmeth.3603
4.Klykov, O.， Steigenberger, B.， pektau, S.等。交联质谱的高效和稳健的蛋白质组范围方法。Nat协议2018年12月13日，2964-2990。doi.org/10.1038/s41596 - 018 - 0074 - x
关于布鲁克公司(纳斯达克股票代码:BRKR)
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关于乌得勒支大学的Heck-lab和Scheltema-lab
Albert Heck和Richard Scheltema的研究小组在乌得勒支大学(NL)的科学学院工作。该小组的重点是开发和应用先进的基于质谱的蛋白质组学技术。作为蛋白质组学研究的补充，该团队还以其在基于质谱的结构生物学、原生质谱和交联质谱的开创性方法方面的专业知识而闻名。该小组负责协调欧洲蛋白质组学研究基础设施(EPIC-XS，链接EPIC-XS .eu)，并领导荷兰x组学计划(www.x-omics.nl）.