蛋白质的特性

全面的蛋白质和PTMs表征提出了几个挑战，包括最大化序列覆盖率，检测低丰度修饰肽，以及处理特定修饰(如糖基化或磷酸化)所遇到的碎片化挑战。

最大化序列覆盖率
从蛋白质产品生产控制到霰弹枪原生学实验中ptm的映射，最大化序列覆盖范围是必须的。额外的离子迁移率分离和timsTOF Pro的高质量MS/MS光谱@ > 100 Hz的组合是最大化片段肽数量的关键，因此蛋白质的序列覆盖范围。例如，对于抗体或生物类似药的生产控制，使用timsTOF Pro可以在非常短的10分钟梯度中获得100%的重链和高链序列覆盖率。

从蛋白质产品生产控制到霰弹枪蛋白质组学实验中ptm的映射，最大化序列覆盖范围是必须的。

最大化MS/MS信息
与共振激发CID不同，四极碰撞单元中的CID产生更有活力和更全面的破碎模式。肽序列信息可以直接从磷酸肽MS2光谱中获得。timsTOF PRO还具有获取给定前体不同碰撞能量的独特能力，在分析糖肽时产生最佳的聚糖和肽片段。