MetaboScape^®

MetaboScape^®使用一个统一的工作流过程一道分析力量的应急服务国际公司& MALDI成像仪器,简化步骤的数量和快速精确定位和识别生物标志物。

MetaboScape^®可以使用在应用领域,包括发现代谢组学,lipidomics phenomics, foodomics、环境和制药公司,为用户提供了灵活地支持工作流从基本ID先进的统计数据。

• MetaboScape^®强大的霸王龙的算法包括保留时间对齐,deisotoping数据处理和特征提取,以确保强劲
• 目标化合物可以使用用户定义的分析物自动注释列表
• 未知的ID匹配和管道包括图书馆在网上分裂促进未知的ID
• 可视化相关信息在复杂的数据集使用监督和非监督的统计数据,包括主成分分析、t检验、方差分析,请和桶的相关性分析
• 注释质量(AQ)评分提供五个指标的数据质量
• 路径映射设置确定代谢物在生物环境下,从而将数据转化为知识
• 使用本地代谢物鉴定药物和异型生物质代谢物的预测
• 批处理校正,以抵消在大样本人群样本的影响
• 时间序列图研究代谢产物的变化
• 专用lipidomics注释工具,包括基于规则的注释,4 d Kendrick情节和CCSPredict质量缺陷
• 为了简化识别已知,MetaboScape^®支持MetaboBASE私人图书馆,图书馆HMDB代谢物,力量萨姆纳MetaboBASE植物库(包括CCS值> 130种化合物),以及自定义库
• 定制的数据导出到一个文件格式适合导入国民生产总值(全球天然产品社会分子网络)雷竞技怎么下载
• 客户机-服务器体系结构,以支持快速数据处理和多个用户共享和访问共享数据的方法
• 在MetaboScape Semi-targeted工作流^®伴随有针对性的工作流绝对量化使用TASQ^®

一道分析的目的是确定功能特定的生理状态或样本的特征。没有一个单独的工作流,使进入动态时间和空间对所有化合物的指纹,需要评估互补的数据平台。MetaboScape^®地址这些需求通过允许互补的数据评估ESI和MALDI成像,以及自信地分配相关的标记在他们的生物背景。

鉴定未知化合物通过集成的工具支持,如分子式的确定基于准确的质量前兆和碎片(SmartFormula3D),搜索当地的和公共数据库(CompoundCrawler),雷竞技怎么下载在网上碎片匹配理论来衡量MS / MS (MetFrag)和MS / MS桶匹配识别相关的化学化合物。

未知的ID管道:
)SmartFormula3D限制可能的前体分子formulea通常一个或几个候选人通过雷竞技怎么下载自动匹配精确的质量和同位素模式片段和前体离子信息。
B)候选人公式在当地和公共数据库的查询返回结构可能的候选人。
C)在网上分散使用MetFrag实现功能匹配理论片段结构测量MS / MS高峰和成绩最有可能的结构。
D)可选的MS / MS桶匹配使分配化合物具有类似MS / MS谱识别的进一步可能未知的但可能结构类似的化合物。

药物代谢产物的识别不仅是极大的兴趣制药代谢组学研究,已经得到了越来越多的兴趣,phenomics exposomics和非目标筛选工作流。这里,代谢物的药物或其他外源性物质(如农药、有毒物质或麻醉剂预计发生,这可能属于不明的家庭,所谓的黑暗代谢物的化合物。

MetaboScape^®支持本地BioTransformer¹的代谢物预测转让这些代谢产物从液体样品和直接从组织使用SpatialOMx工作流。此外,这些代谢物的变化可以通过使用跟踪和semi-quantified综合时间序列图。

^{([1]Djoumbou-Feunang et al。Cheminformatics杂志》2019年,11:2)。}

基于规则的注释在MetaboScape例程^®使脂类物种的鉴定考虑Lipidomics标准倡议(LSI)的指导方针。这类脂质(LC)注释工具避免这种风险的注释和简化了脂质特征的自动识别。

MetaboScape^®可以计算和可视化Kendrick质量缺陷,将复杂的质谱信息成一个的地图与信息聚类的点基于脂质特定同源重复单位(例如CH₂)。可定制的4 d Kendrick质量缺陷图可以直观的脂质ID验证。可以绘制各种特征提取的特征在4维(轴,轴,颜色,和泡沫大小),允许通用的应用程序。

• 策划保留时间和m / z揭示了不同的脂质类的分离使用不同的颜色为不同的脂质类。使用这种彩色编码,你可以很容易地发现有明显偏差的注释保留时间或CCS技术相对于其他相同的脂类。
• 策划m / z vs CCS,您可以进一步研究脂质数据可视化趋势CCS观察脂质链长度的差异和双键的数目。这些趋势可以用来证实脂质类id和可以协助在注释的未知数和帮助去除假阳性。
  
• 可视化与CH Kendrick质量缺陷₂指定为重复单元允许快速调查为饱和脂类的物种选择类和链长度的一致性。此外,脂类注释的例子所示的甘油三酯(TGs)揭示了预期使用反相层析洗脱顺序,以及增加趋势CCS的价值充分利用所有4互补的维度。
  

代谢组学的主要需求和lipidomics分析快速查明和确定这些化合物变化扰动或疾病的结果。匹配的保留时间,前体质量,同位素模式和MS / MS谱是常见的标准访问复合注释的信心。PASEF^®数据采集在timsTOF Pro提供了数以百计的MS / MS每秒事件,导致更大的碎片覆盖在单一分析的深度。雷竞技贴吧此外,PASEF^®光谱受益于离子流动分离,因此清洁MS / MS谱得到了使用一个动态流动过滤器。每个女士值与碰撞截面补充(CCS)值给一个分析物的形状,提供进一步的信心ID。

结合SCiLS™实验室软件,霸王龙²赋予SpatialOMx-based一道分析处理和注释的功能,包括药物代谢物、脂质和聚糖。第一次,地图分析物空间使用这个只有一³的独特组合,结合起来CCS-enabled注释的化合物,使更高的信心注释的化合物timsTOF fleX使用MALDI成像系统。

色谱法的自由mrm aXelerate工作流提供更高的样品处理量在phenomics省略耗时色谱研究。化合物是不易被访问质分析,允许有针对性的一道代谢组学方法。霸王龙2 d的数据提取MetaboScape®提供了信心,国际汽联mrm数据的自动标注。这部小说scimaX mrm系统可以显示其极端的性能与质量的决议> 100万< 0.2 ppm的质量和精度。超高分辨能力允许您utilze同位素精细结构明确的确定的基本成分。这增加了另一层复合ID的信心一道代谢组学。