新闻稿的细节

• 独特timsTOF SCP这不定量单与公正的细胞生物学研究,深单细胞4 d-proteomics™scRNA-seq补充;突破的论文曼等人识别和量化> 1400年单细胞蛋白
• 下一代timsTOF Pro 2以前所未有的深度和无偏4 d-proteomics吞吐量;支持液体活检multiomic生物标志物的研究,将基因组学与蛋白质组学和epiproteomics;标识/ 60000 ~ 6000蛋白肽200 ng / 30000 ~ 4000蛋白肽在20 ng的海拉消化30分钟的梯度
• 公正的血浆蛋白质组学的进展癌症proteogenomics 4 d-epiproteomics™天车的分析,有针对性的LDT发展蛋白质组学和immunopeptidomics neoantigen发现immunooncology timsTOF协作伙伴
• 新不是实时4 d-proteomics软件支持的可视化MOMA CCS-enabled co-eluting分离或等压缩氨酸,进步phosphoproteomics癌症研究;GPU新创肽测序增强immunopeptidomics;小说TIMScore™增加信心IDs肽和蛋白质的数量在相同的罗斯福

BILLERICA,质量。——(业务线)力量的虚拟4 d-proteomics™超过研讨会(超过座谈会2021 |力量),力量公司(纳斯达克:电流断路器)今天宣布推出两个新timsTOF仪器。他们进一步推进,使新的应用程序和公正的蛋白质组学方法,epiproteomics /天车表征,和公正的,深multiomic生物标志物的发现,例如癌症液体活检研究。力量的合作者在无偏单细胞蛋白质组学正在取得重大进展,phosphoproteomics和血浆蛋白质组学,利用速度、灵敏度和动态范围的大规模CCS-enabled 4 d-proteomics和4 d-epiproteomics。

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2020年底,一个突破纸Mann-group证明公正,真正的单细胞蛋白质组学在1400蛋白质组timsTOF研发原型解决单细胞的生物学和病理学的新定量问题。¹今天力量加速了其产品开发和启动超高灵敏度timsTOF SCP公正的制度,量化单细胞4 d-proteomics, immunopeptidomics敏感的neoantigen发现。

自2017年推出以来,timsTOF职业系统提供了研究人员在无偏CCS-enabled 4 d-proteomics新功能,通常在5与3 x-5x x-20x降低样本数量和更快的运行时间为单发射击,深蛋白质组学——更高的吞吐量和前所未有的鲁棒性。

随着下一代的引入timsTOF专业2,CCS-enabled 4 d-proteomics力量继续革命,以及4 d-epiproteomics,这里定义广泛的描述所有蛋白质转译后的修改(天车)。的timsTOF专业2提供更深层次的蛋白质组的报道> 6000蛋白质组和> 60000独特的肽在60分钟内梯度200 ng海拉的摘要。也取得了较好的蛋白质组和epiproteome报道深度低10倍量,例如,30000 ~ 4000蛋白质和~ 20日肽ng摘要。优秀的timsTOF专业2敏感性显著增强的方法来检测翻译后modificiations(天车),如phosphoproteomics和泛素化的研究中,对于CCS-enabled,无偏,大规模4 d-epiproteomics,这是非常重要的在生理学、生物学细胞生物学和疾病,特别是癌症。

力量还宣布了新的功能不是为4 d-proteomics实时搜索软件。新不是2022提供大规模CCS-enabled生物信息学,利用独特的蒂姆斯/ PASEF方法。例如,新TIMScore™的信心增加肽IDs通过利用大规模碰撞截面的第四维度在所有测量肽(CCS)。增加信心使用CCS减少冗余的肽序列的模棱两可,导致更多的蛋白质组和独特的基于相同的罗斯福的肽段标识阈值。

弗兰克·h·Laukien力量总裁兼首席执行官,说:“我相信timsTOF SCP公正是一种革命性的新工具,深和定量补充scRNA-seq单细胞生物。在未来,在单细胞生物和发病机理基础研究将大大受益于有睁开双眼的基因表达,转录组结合无偏、深度和定量蛋白质组学和epiproteomics multiomic生物标志物面板数据。”

Laukien博士继续说:“在液体活检临床癌症需要更大的舞台上有一个未满足的I / II检测灵敏度和改进的阳性预测值,以及早期治疗耐药性的检测。综合multiomic深度学习在两者中,癌细胞基因组学和epiproteomics,以及宿主免疫反应和肿瘤微环境,公正的蛋白质组学和天车互补性强PPV门店实现进一步的重大进展,造福病人。”

答:timsTOF SCP发射

的timsTOF SCP的高潮与马蒂亚斯•曼教授的实验室合作Martinsried马克斯普朗克研究所的生物化学,德国,和Evosep新吗耳语方法在超低流率的~ 100 nL /分钟。

的timsTOF SCP达到5倍离子传输data-independent dia-PASEF,或平行反应监测prm-PASEF方法。的dia-PASEF²方法已经证明真实,无偏4 d-proteomics从单个细胞¹~ 1500蛋白/细胞定量,数以百计的孤立的单个细胞非原位,结合Evosep一个信用证与耳语。的timsTOF SCP是一个专门的超高灵敏度无偏单细胞蛋白质组学乐器,经过激光捕获显微解剖的一个或几个细胞,以及敏感neoantigen发现immunopeptidomics immunooncology领域的研究。与timsTOF SCP,系统现在可以扩大单细胞生物视野之外的基因组学和转录组无偏,定量4 d-proteomics。

定量生物学也就可以完成与无偏单细胞蛋白质组学、细胞不同阶段的生长周期和足够的数据复制到观察蛋白质核心统计相关变化丰富,相比,稀疏的信使rna复制数字。

马蒂亚斯•曼教授说:“我总是说,单个细胞蛋白质组学不会发生在我的有生之年,但我很高兴已经被证明是错误的。单细胞生物技术革新但今天主要限于成像和深度测序。然而,蛋白质是细胞功能的主要动力和深入描述单个细胞的质谱(MS)的使用仪器如蛋白质组学timsTOF SCP将会更加完善。我们实验室一直非常满意与力量的合作,我祝贺力量团队的快速商业化小说timsTOF SCP技术”。

b .下一代timsTOF专业2发射

的timsTOF专业2强劲的新蛋白质组学的,公正的,深和定量4 d-proteomics和4 d-epiproteomics等离子体、组织样本和细胞培养。进一步设计进步结合增强dda-PASEF dia-PASEF prm-PASEF方法提供行业领先的性能,无与伦比的鲁棒性和吞吐量。的timsTOF专业2允许6000年>检测蛋白质和梯度> 60000肽通过dda-PASEF 60分钟200 ng的消化。它也有新的高灵敏度方法,使非常好的蛋白质组覆盖10 x不消化,到20 ng,蛋白质组和> 25000 > 3500独特的肽使用30分钟的梯度。dia-PASEF工作流上timsTOF专业2包括一个改进的界面设计实验,现在可以确定~ 8000蛋白质组和70000肽在60分钟200 ng的消化。

这些timsTOF专业24 d-epiproteomics性能改进是很重要的,尤其是phosphoproteomics。磷酸化是信号的关键和通常mis-regulated癌症和其他疾病。此处则是丰富分析之前,研究者常常始于几毫克的生物材料隔离一个足够数量的此处则进行分析。如图所示的免疫学研究所Stefan Tenzer教授古腾堡大学医学中心的美因茨大学的timsTOF专业2现在可以从27768 150 ug的蛋白质和识别独特的此处则。特别是457年co-eluting位置磷酸化同分异构体被蒂姆的组合和PASEF解决。即使有25 ug的蛋白质,> 4400此处则可以反复确认,针活检对phosphoproteomics铺平了道路。

Tenzer教授说:“除了它的高灵敏度,蒂姆的一个独特方面技术是其能力来解决位置磷酸化同分异构体的气相离子迁移率,从而提供更详细的见解信号通路。”

immunopeptidomics敏感性绝对是至关重要的,教授珍妮Lehtio终身的科学实验室,Oncology-Pathology学系在斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所,瑞典,补充道:“我们已经对的表现印象深刻timsTOF职业。尤其是速度和灵敏度的仪器使我们看到更多immunopeptides开始从数量有限的材料,我们希望为neoantigen特别有价值的发现和发展的个性化治疗癌症immunooncology治疗。”

c .新不是功能

新功能的不是2022包括:现代艺术博物馆观众、实时新创肽测序和TIMScore™无偏4 d-proteomics,除了运行&完成搜索。

塞巴斯蒂安Vaca博士研究科学家卡尔实验室在麻省理工和哈佛,解释道:“实时搜索结果不是在我们的timsTOF职业节约了大量时间。他们允许我们开发方法更快,通知信用证和仪器性能,并提供一个蛋白质组学和天车的效率研究主要获得。”

不是现在有一个现代艺术博物馆(移动抵消大规模对齐)查看器”来形容co-eluting异构或离子等压大规模CCS。基于gpu的搜索一直延续到immunoproteomics。与教授托尼·珀塞尔和生物信息学解决方案公司,执行实时的能力新创对于小说neoantigen发现序列分配提供新功能。

最后,不是2022包含一个新的CCS-enabled数据库搜索算法TIMScore™,教授约翰·耶茨一起开发的,并由机器学习。TIMScore成为第一个从根本上CCS-enabled数据库搜索算法,增加蛋白质和多肽的数量,同时保持罗斯福控制和实时搜索的速度。

1. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.22.423933v1
2. diaPASEF:平行accumulation-serial碎片结合data-independent收购。Meier F,作为广告,弗兰克·米哈,Bludau我Voytik E, Kaspar-Schoenefeld年代,吕贝克M, Raether O,贝奇N, Aebersold R,公元前柯林斯,罗斯特霍奇金淋巴瘤,曼M。自然方法。2020年12月,17 (12):1229 - 1236。doi: 10.1038 / s41592 - 020 - 00998 - 0。Epub 2020年11月30日。PMID: 33257825

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