力量代谢组学光谱库

质谱库包含相关的内源性和外源性代谢物使您能够匹配为自动dereplication实验MS / MS谱。这些光谱库中包含的化合物的数量是一个重要因素,近年来不断发展,使越来越多的已知代谢物的识别。

这反映的新版本力量MetaboBASE^®私人图书馆3.0。它包含:

• MS / MS谱超过100000合成或孤立的标准来自于知名METLIN(*)化合物库,包括di tri-peptides,除了内生和外生代谢物研究变化发生在生物系统。这些数据已经获得QTOF仪器。数据从14000年一直在获得力量QTOF仪器。
  
• 生成In-silico MS / MS谱超过233000种化合物在这个图书馆,为更快的初步铺平了道路识别相关的目标尚未公布纯粹的参考标准。
  

的力量MetaboBASE^®私人图书馆3.0已经由知名教授加里Siuzdak和保罗·本顿博士。

* METLIN™是斯克里普斯研究所的一个商标。

注意:力量MetaboBASE^®私人图书馆3.0仅仅是支持的MetaboScape^®4.0甚至更高。

不仅是光谱的数量很重要,但也库中包含的数据的质量,这是非常重要的自信的识别。
所有光谱中包含的图书馆2.0力量HMDB代谢物是手动检查去除噪声谱和污染物的山峰。前体和碎片离子的质量纠正匹配理论的质量价值观和同位素分布模式。

第二个版本多光谱库提供6000 MS / MS光谱多800种化合物从人类代谢组中选择数据库(HMDB) +保留时间信息。数据力量HMDB代谢物图书馆2.0收购使用纯参考标准。所有化合物测定影响系列QTOF高分辨率质谱仪使用5种不同碰撞能量水平。

保留时间信息反相LC的大约600种代谢物增加信心,进一步增加了正交信息识别的代谢物中发现,例如,尿液、血液和其他biofluids。

的霸王龙洗提Metabolomics-kit: RP是一个专用R埃弗斯-P哈泽LC列工具包使匹配的保留时间对应值力量HMDB代谢物图书馆2.0。它还包含方法和标准操作规程(sop)质/数据采集女士和完整的一部分

霸王龙LC-QTOF解决方案简化了一道代谢组学。

的力量HMDB代谢物图书馆是专门提供的力量和李生成与梁教授合作和David Wishart教授及其团队在阿尔伯塔大学,加拿大。

光谱是利用商业公认标准确定代谢物中发现模型,豆类植物,Medicago truncatula。这使得鉴定代谢产物在植物和食品研究。力量的萨姆纳MetaboBASE^®植物库还包含228光谱84种化合物中提取了MS和NMR确证。

最近添加的碰撞截面(CCS)值获得力量timsTOF仪器超过150种化合物使正交匹配信息来源于困离子流动分离。这使得识别基于CCS值除了前体化合物质量和同位素模式,保留时间和MS / MS谱。光谱库包含光谱获得在多个碰撞能量在ESI负离子模式下获得的。对于大多数化合物分子式、结构*。雷竞技怎么下载摩尔格式、InChI和微笑。

的力量2020年NIST质谱库是一个产品的国家标准和技术研究院(NIST),由力量重新分配。库包含完整的NIST包从Marbofloxacin抗生素和覆盖的化合物,萘E&L, APCI,木樨草素黄酮甙、视黄酸代谢物,Fuc-GM1 (d18:1/16:0)醣脂类,等等。细分为几个光谱库:

• NIST / EPA / NIH质量光谱库:这个版本包含350704电子电离(EI)光谱(306643种化合物,43774复制光谱)-增加39729比NIST17化合物
• 气相色谱保留指数和方法库:包含447289 139382种化合物的保留指数(RI)值,增加40 k化合物。进一步与国际扶轮114629种化合物&女士
• 小分子的NIST串联质谱库:包含1320389 185608从30999年前体离子化合物的光谱

小分子代谢物组成的一个复杂的混合物的宽动态范围。可检测物质的数量持续增长,包括哺乳动物、微生物、植物内源性和外源性代谢物,识别完全理解至关重要的生物代谢组学数据的上下文。

因此,之前的注释描述已知的目标代谢产物,称为dereplication,变得非常关键,必须自动和决定性的。
有意义的见解在生物环境中只能获得如果化合物与高的信心。这种信心是通过匹配不同的存储在数据库和标准谱库包含相关的内源性和外源性代谢物。

信息可以来自高质量质/ MS数据获得力量QTOF仪器自信的识别和匹配光谱库包括准确的质量和同位素前体模式,MS / MS谱和保留时间信息,以及CCS的价值观。MetaboScape^®可以匹配这些信息根据用户确定的阈值水平。图形注释质量“AQ”表示允许分析师容易评估他们的信心在MetaboScape每个注释自动生成^®。

几个补充完全集成MetaboScape光谱库支持^®工作流自动化解决方案和积极识别已知的化合物。这些代谢物库包括力量HMDB代谢物图书馆,力量MetaboBASE^®个人图书馆,力量MetaboBASE^®植物库,力量NIST谱库,进一步公开以及自定义库。

这些光谱库是存储在你的电脑上,提供本地搜索功能提供性能和在和消除隐私问题。

对代谢产物的鉴定,需要收集所有可用的信息。这包括片段从纯光谱的比较标准从代谢组学样本获得的光谱。的特定片段质量和强度分布贡献有价值地代谢物鉴定。

光谱库内容查询使用MetaboScape^®软件或力量DataAnalysis(除非不指出)。运行在本地pc和提供私人搜索功能。此外,软件解决方案都是旨在创造自定义库专有的化合物,并导出到一个ASCII格式。这允许共享库和同事在一个开源格式。

构建自己的MS / MS谱库很容易与力量库编辑器。扩展现有复合光谱或补充现有的覆盖率信息进一步的参考测量如不同碰撞能量。图书馆光谱测量在不同碰撞能量的自动识别和高信心确保广泛的代谢物。