兽医微生物学家目前面临的重大挑战之一是需要及时获得影响动物的稀有和具有挑战性的生物的安全物种鉴定。这些微生物可能对动物具有致病性,也可能对动物媒介无症状,但通常通过食源性途径在人类中引起疾病。人畜共患病的控制也涉及食品微生物学,例如鸡蛋和全脂牛奶生产中的沙门氏菌和弯曲杆菌监测。
以兽医为指导的人畜共患病监测对于控制食源性病原体至关重要。兽医微生物学家需要使用快速、灵敏的鉴定技术监测动物初级生产中的微生物,以控制病原体在食物链中的发生率和传播。监测抗生素耐药性也是兽医微生物学家的首要任务。
除了监测外,兽医微生物学家还关注动物病原体。人们正在不断开发治疗动物的新技术和疫苗,以治疗牛乳腺炎等疾病,但乳腺炎相关的识别和区分链球菌研究疾病暴发和发现新的治疗方法需要种和相关物种。