prm-PASEF

抽象性

与标准选择并并行响应监测比较(SRM和PRM),prm-PASEF增加单项获取方法目标粒子数,同时不损害选择性或敏感度使用原型获取软件,我们锁定201个同位素标签合成peptiprm-PASEF优于172am新的prm-PASEF方法在注入间高可复制性并允许精确量化

作者类

安托万·莱斯尔^一号Pierre-Oliver施密特²克里斯托弗亚当斯³GunnarDittmar^一号;
LIHlSEN卢森堡2Bruker法兰西S.Awismbourg法兰西3BrukerDaltonics公司,美国圣何塞

关键字 :

4D-Protecomics、prm-PASEF、timstoFPro、PASEF、LFQ、绝对量化、目标蛋组

定点质谱法是一种强效技术支持假设驱动蛋组学实验,例如验证大样本群生物标志候选与依赖数据获取法和依赖数据获取法相比,它缓解样本间缺失值问题,并提高总体敏感度定点蛋白质组使用合成粒子内部标准实现MS信号正常化并最有信心确认检测内生粒子

目标蛋组学的一个主要限制是必须在单行测量目标数、液相色谱分离持续时间和总体敏感度之间找到折中法与当前一代目标获取方法,包括SRM和PRM一样。因此,只有使用较长色谱分离法或损耗MS敏感度和选择性才能实现大量目标粒子完全数据完整性替代方法如DIA可部分解决这一问题并依赖使用宽m/z隔离窗口对erutingpepti这种方法测量大片粒子,但在可实现MS周期内有限特性和敏感度(所有碎片混合在一起)(分析器扫描速度必须最小化),不易与短色谱梯度合并

应用注释中我们介绍prm-PASEF方法,这是创新实施PASEF获取策略,克服当前定向蛋组技术相关约束

人类细胞线文摘文(100纳克/微克)加载201重apti稀释曲线九分5.5至5万amol/ml使用15重AQUAptides这套peptides内部标准其余186AQUA粒子在所有样本中常量富集2fmol/ml

样本和控制注入技术三重并用250毫米拉射列隔开HPLC(nanoElute,BrukerDaltonicss)Peptides用宽度-PASEF模式操作质谱计分析PASEF单片法本研究使用:tims累积时间固定为50ms,tims分离时间定为100ms运动值范围为0.65-1.31/K₀覆盖m/z范围为100-1700m/z数据用天线处理(20.1.1.83)。

量化性能评价测量15重/光比并判定各自的集中精度和相对标准偏差作为一种质量控制,两个曲线的浓度用第一个曲线线性回归反算量化限值定义为80 <精度 < 120

多路化性能评价方法测量prm-PASEF轨迹区域区域相对标准偏差和跨色谱峰值数据点数(使用最高PRM转换法)计算时用30PROM-PASEF运算法计算

spm-PASEF利用嵌入离子移动光谱设备大大提高方法复用能力允许大规模并行定向获取,不损及快速LC和UHPLC执行的敏感度和更大弹性抓取和解析tims单元格原理(图2)允许所有目标pitides相继扩展离子运动维度,在100mstims扫描事件期间获取时间聚焦效果提高敏感度,因为百米积聚pitide

216先质分解时间分布于22分30分梯度PROM-PASEF获取窗口为三维并隔离窗口必须按色谱分解时间、离子运动和四极隔离m/z定义当我们把保留窗口设置为40s/perprire时,LC保留时间方面产生大量重叠IMS维度减少了最终获取窗口重叠,图5a显示预离子重叠获取窗口仍可分离离子移动维度在同一prm-PASEF框架内测量(图3)。

spm-PASEF绝对量化潜力通过研究重/光比评价15双斜插式双片选择度和灵敏度组合使得信号检测良好,甚至在低浓度时也是如此(图7)。详细分析ATVVYQGER重/光显示信号响应可安装线性回归2900系数(从17.2至5万amol注入列)。复数中两项的反算法基于与第一项相联的标定曲线确认量化在所有富集度中均精度为++20(表1)。量化限值定义为80 <精度 < 120

实验期间平均测量4个目标离子,每个prm-PASEF框架(图5b)内均不影响敏感度或周期时间数组复合物相重叠时,IMS和LC维度都用PASEF连续框架测量(图4)。平均而言,prm-PASEF周期内有4个显式prem-PASEF框架最高前体密度下,每MS周期使用最多10个框架(图5c)。框架数/MS周期不影响敏感度,而是数据点数定义色谱峰值尽管如此,没有低采样色谱峰值(图5d),每色谱峰值中位数为25,表示实验可用更短梯度执行良好的峰值采样和保留敏感度允许测量所有峰值区并有正确的 sd 即使没有内部标准规范化(图6)。