2 . timsTOF Pro

液相色谱(LC)结合质谱(MS)已成为各个组学领域的金标准。然而，由于目前质谱仪的速度、灵敏度和分辨率有限，复杂生物样品中的蛋白质组或代谢组的覆盖仍然具有挑战性。

将捕获离子迁移谱(TIMS)添加到方程中，解锁并行积累串行碎片(PASEF)^®)采集方法，提供极高的质谱/质谱速度和灵敏度，只需要极少的样本量。

TIMS首先是一种气相分离技术。除了高效液相色谱(HPLC)和质谱分析外，还通过增加分离维度解决了样品复杂性，增加了化合物表征的峰容量和置信度。

同样重要的是，TIMS装置还可以积累和浓缩给定的离子m / z以及机动性，使灵敏度和速度得到了独特的提高。

双tims技术可以实现接近100%的占空比，促进前段离子的积累，而后段离子则根据其迁移率依次释放。这个过程的并行积累串行碎片(PASEF^®)可以进行碰撞截面(CCS)分析。

支持ccs的分析开辟了许多进一步的分析可能性，从更大的化合物识别确定性到自信的库匹配，以及在大型数据集中降低错误发现率(fdr)。

timsTOF Pro 2配备了我们创新的双tims分析仪，提供三倍高的离子容量。简化的离子光学最大限度地提高了离子转移和灵敏度，为4D-Multiomics设定了新标准。PASEF^®是一种重新设计的MS/MS技术，以满足组学应用的速度要求。使用捕获离子迁移谱分离离子，洗脱(~ 100 ms)，并在四极飞行时间(QTOF)中检测，生成TIMS ms热图。PASEF^®然后使用相同的TIMS分离来连续分段离子。四极杆在MS/MS洗脱过程中分离出某种离子，并立即转移到下一个前驱体。母谱和片段谱按迁移率值对齐。timsTOF Pro 2在PASEF中可以实现> 120 Hz的测序速度^®模式。此外，对低丰度的分析物进行多次筛选，可以提高其MS/MS谱质量。

数据独立采集(dia)-PASEF^®与传统的DIA方法相比，它更敏感和选择性，因为它应用了PASEF^®将DIA的优点与PASEF固有的离子效率相结合^®．整个液相色谱-质谱(LC-MS)/MS dia-PASEF^®运行时，生成一个包含m/z、离子迁移率(CCS)、保留时间和强度的完美数据长方体。TIMS分离提高了选择性，从碎片中排除单电荷前体，并通过集中噪声中的信号来清理样品。利用双tims漏斗的分子量与CCS编码信息的相关性，dia-PAS雷竞技怎么下载EF^®支持高度可信的识别。

坚固的不锈钢堆叠环形离子导轨(SRIG)配置和优化的标准dia-PASEF^®timsTOF Pro 2中的方法在单发蛋白质组学中提供了前所未有的深度蛋白质组覆盖。使用timsTOF Pro 2上的PepSep 25 cm色谱柱和TIMScore™谱库，在35分钟的梯度中从200 ng K562裂解液中鉴定出近9000个蛋白质组(每天~30个样本)。

timsTOF Pro 2通过数据库搜索和匹配直接为日常细胞系蛋白质组量化实验提供深入的蛋白质组覆盖，而不需要光谱库。不同的数据库搜索策略会产生非常相似的结果。PaSER™能够实时识别蛋白质，MaxQuant在蛋白质和肽水平上的ID号相似。

prm-PASEF^®受益于TIMS为4^thTIMS墨盒中离子的时间聚焦以提高灵敏度，以及PASEF促进的高速度^®增加前体目标的数量。在一次采集中，可以在不影响timsTOF Pro 2仪器的独特选择性和高灵敏度的情况下，定向检测数百种前体。

结合灵敏度，速度和选择性，prm-PASEF^®采集方法提供了高再现性和准确的定量，无论是高数量的目标或应用与短色谱梯度(即<5分钟)。

作为化合物注释的关键组成部分，非靶向代谢组学得益于高MS/MS覆盖率。我们优化的4D-Metabolomics方法在同一样品分析中提供了定量的MS分析数据和MS/MS碎片谱，即使在低分析物浓度下也能实现大多数特征覆盖。PASEF^®在破碎之前提供迁移率选择，从而产生干净和明确的碎片光谱。

PASEF^®能够移动选择和碎片每个化合物分别，导致干净的碎片光谱。去除矩阵衍生的MS/MS片段为Proadifen在MetaboScape中提供了更好的库匹配^®因此对结果更有信心。

与蛋白质组学样品类似，脂质提取物具有较高的样品复杂性，这是由于脂质结构的多样性造成的。高质量的MS/MS谱对于获得可靠的脂质注释是不可或缺的。PASEF^®解锁ccs支持的工作流程，可用于额外提高脂质注释的可信度。

在timsTOF Pro 2上获得的脂质组学数据可以很容易地使用MetaboScape进行分析^®，其特点是一个免费的库注释工具，利用已发布的碎片规则和新颖的CCS预测工具。充分利用这4个维度。

PASEF^®可以碎片>10倍以上的前体使用移动分离。这可以去除重叠的污染物，并分解等压和异构脂类。由此产生的MS/MS谱显示每种脂类的独特片段，从而增加了置信度。

timsTOF Pro 2系统的卓越速度可以通过GC-APCI或UHPLC VIP-HESI数据采集进行完全未知的筛选。结合TASQ^®软件，Bruker提供了从数据采集到自动化数据分析的完整解决方案。

将迁移率滤波应用于提取的离子色谱图，通过消除干扰来提高复杂矩阵的灵敏度。在浓度为1 ng/mL的洋葱中可以清楚地看到噻虫啉的痕量。较低的痕迹已在逐渐缩小的移动范围内过滤，允许与TargetScreener数据库完美匹配，如MRSQC评分的绿色所示。

最少的清洁要求
许多用于组学应用的质谱仪器需要在大样本队列上每天24小时运行时每月清洗一次。性能下降为

即使在较短的时间内也很明显。timsTOF Pro 2的超强鲁棒性意味着仪器可以在数周内全天候运行，而不会明显损失灵敏度或其他性能指标。