蛋白质的特性

全面的蛋白质和PTMs表征提出了几个挑战，包括最大限度地提高序列覆盖率，检测低丰度的修饰肽，以及处理糖基化或磷酸化等特定修饰所遇到的碎片化挑战。

最大化序列覆盖率
从蛋白质产品生产控制到散弹枪原生学实验中pms的映射，最大限度地提高序列覆盖率是应用的必要条件。额外的离子迁移分离和timsTOF Pro的高质量质谱@ > 100 Hz的结合是最大化碎片化多肽数量的关键，从而提高蛋白质的序列覆盖率。例如，对于抗体或生物类似药生产控制，使用timsTOF Pro可以在很短的10分钟梯度中获得100%的重链和高链序列覆盖率。

从蛋白质产品生产控制到鸟枪蛋白质组学实验中pms的映射，最大限度地提高序列覆盖率是应用的必要条件。

最大化MS/MS信息
与共振激发CID不同，四极碰撞单元中的CID产生更有能量和更全面的碎片模式。肽序列信息可以直接从磷酸肽的MS2谱中获得。timsTOF PRO还具有获得给定前体不同碰撞能量的独特能力，在分析糖肽时产生糖聚糖和肽部分的最佳碎片。