蛋白定量

非靶向蛋白质定量的典型挑战是周期时间(定义色谱峰分辨率)，选择离子的唯一性来确定肽量(选择性)和系统灵敏度(低丰度化合物的定量)。基于ms的方法提供了全面的定量结果，但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。基于MS/MS (DIA)的定量以降低灵敏度为代价提供了优秀的选择性。

TIMS-PASEF^®基于无标签定量(PASEF^®-LFQ)结合了两种方法的优点。TIMS提供了一个额外的分离维度，大大增加了选择性，而TIMS细胞的预浓缩效应提供了更高的灵敏度。的PASEF^®与传统的DDA方法相比，其速度(>100 Hz MS/MS)大大提高了母体离子选择的再现性。
在这种情况下，timsTOF Pro独特的4D-MBR方法能够以前所未有的灵敏度克服缺失值问题。

在某些情况下，高度复杂的样品或短梯度分析，100 Hz MS/MS填充率不足以在大量分析中重复选择相同的离子

在这种情况下，可重复的碰撞横截面测定(流动性)实现了4D-Match Between Runs (MBR)，最大限度地从无标签量化实验中量化蛋白质的数量，同时保持高通量样品分析的最高置信度。最新的PEAKS和MaxQuant版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应内容LC-MS154应用说明．

迈向未来:引入dia-PASEF^®
用于数据独立采集(DIA)， DIA - pasef^®利用分子质量和流动性之间的相关性，以目标最密集的肽区。雷竞技怎么下载额外的维度增加了选择性、灵敏度和更短的循环时间。有关如何dia-PASEF的更多信息^®推动4d -蛋白质组学™的极限，阅读我们的LC-MS157应用说明．

MaxQuant数据处理
MaxQuant，流行的，强大的，开源软件完全支持PASEF^®-LFQ数据，使先进的量化，可视化和报告。

先进的软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据:这包括Skyline, Gene data，完整的Protein Metrics套件，Mascot Distiller

PEAKS数据处理
PEAKS Studio由tims数据文件的高性能特征提取提供支持，在基于肽的蛋白质鉴定、无标签定量和DeNovo测序中获得高质量的结果。多种复杂的可视化和导出功能允许用户查看，共享或改进来自多种蛋白质组学分析的结果。

Biognosys数据处理
Biognosys提供完整的下一代蛋白质组学软件产品。Spectronaut软件旨在分析大规模数据独立采集蛋白质组学实验，完全支持dia-PASEF^®使用基于库和非库处理的数据。PASEF^®Biognosys的SpectroMine软件完全支持数据处理。

timsTOF Pro独特的能力，可在数千次注射中提供持续的性能，结合增强的LFQ性能，使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键^®-LFQ方法已经被一些最强大的软件套件所支持。